Het Bestuur wordt voorgezeten door de Universiteit van Amsterdam en komt een keer per jaar bijeen. Aangezien zij de besturende universiteit is, steunt de Universiteit van Amsterdam het NIA in veel zaken op het gebied van organisatie en financiën, alswel in wettelijke zaken. Administratief ressorteert het NIA onder het Expertisecentrum Academische Zaken van de Universiteit van Amsterdam.

Het NIA wordt ondersteund door de wetenschappelijke adviesraad (WAR), die de directeur adviseert over het te volgen beleid. Deze raad komt twee keer per jaar bijeen en wordt samengesteld door academische deskundigen uit diverse wetenschappen, waaronder Klassieke Studies, Byzantijnse Studies, Archeologie, Nieuwgriekse taal en cultuur en Oude Geschiedenis.

UvA = Universiteit van Amsterdam, UU = Universiteit Utrecht, UL = Universeit Leiden,
RUG = Rijksuniversiteit Groningen, RUN = Radboud Universiteit Nijmegen,
VU = Vrije Universiteit Amsterdam

Bestuur van het NIA in 2008:
Prof. dr. K. van der Toorn (Universiteit van Amsterdam), voorzitter
Dr. Simon K. Kuipers (Rijksuniversiteit Groningen)
Drs R.M. Smit (Vrije Universiteit Amsterdam)
Ir. R.J. de Wijkerslooth de Weerdesteyn (Radboud Universiteit Nijmegen)
Mr. Yvonne C.M.T. van Rooy (Universiteit Utrecht)
Prof.dr. D.D. Breimer (Universiteit Leiden)

Wetenschappelijke Advies Raad in 2007-2008:
Prof. Dr. B.H. Stolte (Rijksuniversiteit Groningen - voorzitter)
Prof. Dr. J.H. Blok (Universiteit Utrecht)
Prof. Dr. M.D. Lauxtermann (Universiteit van Amsterdam)
Prof. Dr. A. Lardinois (Radboud Universiteit Nijmegen)
Prof. dr. V.V. Stissi (Universiteit van Amsterdam)
Dr B.J. Slot
Prof. Dr J. Bintliff (Universiteit Leiden)
Dr M.H.J.M.N. Wijnen (Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek, NWO)
Prof Dr. D.G. Yntema (Vrije Universiteit Amsterdam)

Secretaris van het Instituut in Nederland in 2007-2008:
mw drs M.J.J. Diderich (Universiteit van Amsterdam)