Τη δεκαετία του 1960, ο Καθηγητής Δρ. J.H Jonkees του Πανεπιστημίου της Ουτρέχτης και άλλοι συνάδελφοί του, ανέπτυξαν σχέδια για να ιδρύσουν ένα Ολλανδικό Αρχαιολογικό και Ιστορικό Ινστιτούτο στην Πελοπόννησο. Κατά το 1967, το σχέδιο αυτό είχε πια σημειώσει αρκετή πρόοδο, χρειάστηκε ωστόσο να εγκαταλειφθεί λόγω της πολιτικής κατάστασης στην Ελλάδα.
Τη δεκαετία του 1970, το πανεπιστήμιο της Ουτρέχτης συνέχισε την αρχαιολογική έρευνά του, επικεντρώνοντας την προσοχή του στη χαρτογράφηση και τοπογράφηση των αγροτικών ελληνικών οικισμών της Κλασικής και της Ελληνιστικής περιόδου. Το πεδίο ωστόσο αυτών των προγραμμάτων έπρεπε να παραμείνει περιορισμένο, επειδή η Ολλανδία δεν διέθετε ένα επίσημο Ινστιτούτο στην Ελλάδα.
Γι'αυτό το 1976, κυρίως με πρωτοβουλία του Δρ. S.C. Bakhuizen, ιδρύθηκε η Ολλανδική Σχολή Αρχαιολογικών Τοπογραφήσεων στην Ελλάδα. Οι Ολλανδοί αρχαιολόγοι μπορούν πλέον να υποβάλλουν αίτηση για άδεια πραγματοποίησης ερευνών, όχι όμως και ανασκαφών, επειδή η ελληνική νομοθεσία περιορίζει τα διακιώματα ανασκαφής μόνο σε ξένες χώρες, οι οποίες διατηρούν ένα πλήρες αρχαιολογικό Ινστιτούτο στην Ελλάδα.
Το 1982 ιδρύθηκε η Αρχαιολογική Σχολή της Ολλανδίας, με σκοπό να δημιουργηθεί ένα Αρχαιολογικό Ινστιτούτο, κάτω από την ευθύνη του οποίου να μπορούν να διεξάγονται γενικές αρχαιολογικές έρευνες. Το 1984, η ελληνική κυβέρνηση προθυμοποιήθηκε να αναγνωρίσει την Αρχαιολογική Σχολή της Ολλανδίας στην Αθήνα, υπό την προυπόθεση ότι αυτή θα έχει ιδιόκτητες κτιριακές εγκαταστάσεις στην Ελλάδα που να διαθέτουν χώρο για βιβλιοθήκη και για φωτογραφικό αρχείο καθώς και ότι ο διευθυντής της Σχολής θα είναι έμπειρος Ολλανδός αρχαιολόγος, ο οποίος θα ζεί μόνιμα στην Ελλάδα.
Το Ολλανδικό Υπουργείο Παιδείας και Επιστημών στάθηκε πρόθυμο να στηρίξει οικονομικά τη Σχολή για περιορισμένο όμως χρονικό διάστημα και υποστήριζε ότι η μόνιμη χρηματοδότηση έπρεπε να προέρχεται από τα ολλανδικά πανεπιστήμια. Παρόλο που διάφορα πανεπιστήμια έδειξαν ενδιαφέρον για την υποστήριξη της Σχολής, καμιά χρηματοδότηση δεν επιτεύχθηκε λόγω των αυστηρών περικοπών στα μέσα της δεκαετίας του 1980. Το 1991 σταμάτησε η παροδική στήριξη από το Υπουργείο Παιδείας και η κατάσταση έφτασε σε τέλμα. Η διοικητική επιτροπή συνειδητοποίησε ότι η ελληνική αρχαιολογία από μόνη της δεν θεωρείται από τα πανεπιστήμια επαρκές πεδίο που να δικαιολογεί την παρουσία ενός πλήρους αναπτυγμένου Ινστιτούτου στην Αθήνα. Γι'αυτό το λόγο η σφαίρα δραστηριοτήτων του ινστιτούτου επεκτάθηκε, ώστε να συμπεριλαμβάνει όλους τους τομείς της κατεύθυνσης των Ελληνικών Σπουδών. Η Σχολή μετονομάστηκε σε Ολλανδικό Ινστιτούτο Αθηνών (ΟΙΑ). Μελετητές και από άλλους κλάδους πέραν της αρχαιολογίας προστέθηκαν στο Ινστιτούτο και δύο Σύλλογοι Φίλων (έναε στην Ολλανδία και ένας στην Ελλάδα) πρόσφεραν υποστήριξη στο Ινστιτούτο και πέρα από τον ακαδημαικό κόσμο.
Πέντε ολλανδικά πανεπιστήμια εξέφρασαν την προθυμία τους να υποστηρίξουν οικονομικά το ΟΙΑ. Την 1η Ιανουαρίου του 1994, η διοίκηση του ΟΙΑ μεταβιβάστηκε στο Πανεπιστήμιο του Αμστερνταμ. Από το 2000, το VU University Amsterdam είναι το έκτο πανεπιστήμιο που συμμετέχει στο ΟΙΑ.
Από το 1999 το ΟΙΑ στεγάζεται σε ένα όμορφα ανακαινισμένο νεοκλασικό μέγαρο στους πρόποδες της Ακρόπολης. Το Ελληνικό Υπουργείο Πολιτισμού αναγνώρισε το ΟΙΑ και η χρηματοδότηση είναι εξασφαλισμένη. Το ΟΙΑ λειτουργεί με μόνιμο προσωπικό έξι ατόμων στο οποίο προστίθεται έκτακτο προσωπικό για τη διεκπεραίωση συγκεκριμένων προγραμμάτων.
Το ΟΙΑ έχει επεκτείνει τις δραστηριότητές του σε ακαδημαικούς, εκπαιδευτικούς και πολιτιστικούς τομείς μέσω οργάνωσης συνεδρίων, μεγάλου αριθμού διαλέξεων, μαθημάτων και πληθώρα πολιτιστικών δραστηριοτήτων.
Το 2005 έξι ολλανδικά αρχαιολογικά προγράμματα οργανώθηκαν στην Ελλάδα.