In de jaren ’60 ontwikkelden Prof. Dr. J.H. Jongkees van de Universiteit van Utrecht en een aantal collega’s plannen voor de oprichting van een Nederlands archeologisch en historisch instituut in de Peleponnesus. Omstreeks 1967 waren deze plannen in een vergevorderd stadium, maar vanwege de politieke situatie in Griekenland maakte het noodzakelijk dat deze werden losgelaten. In het midden van de jaren ’70 hervatte de Universiteit van Utrecht haar veldwerk in Griekenland en richtte zich op de kartering en survey van nederzettingen uit de Klassieke en Hellenistische periode. Deze surveys moesten zich echter beperken, aangezien Nederland geen officieel instituut had in Griekenland. Voornamelijk op initiatief van wijlen Dr. S.C. Bakhuizen, werd in 1976 de Archeologische Survey School van Nederland in Griekenland opgericht. Nederlandse archeologen hadden daarmee de mogelijkheid surveys uit te voeren maar geen opgravingen, omdat de Griekse wet de opgravingsrechten beperkt tot de landen die een geheel zelfstandig archeologisch instituut in Griekenland hebben.

In 1982 richtte men de Stichting voor de Archeologische School van Nederland in Athene open. In 1984 verklaarde de Griekse regering zich bereid de Archeologische School van Nederland in Athene te erkennen, onder de voorwaarde dat de school zijn eigen pand in Griekenland zou hebben, met bibliotheek en fotoarchief, en dat de directeur van de school een ervaren Nederlandse archeoloog moest zijn die permanent in Griekenland woonde. De Nederlandse minister van Onderwijs en Wetenschap was bereid de school voor een beperkte periode financieel te assisteren , maar vond dat permanente financiering voor de school moest worden geleverd door de Nederlandse universiteiten. Ondanks het feit dat diverse universiteiten geïnteresseerd waren in ondersteuning van de school, bleven rechtstreekse fondsen uit vanwege strenge bezuinigingsmaatregelen in het midden van de jaren ’80. De minister van Onderwijs zette in 1991 de tijdelijke steun aan het NIA stop en de situatie werd onhoudbaar. Het bestuur van de school realiseerde zich dat de meeste Nederlandse universiteiten de Griekse archeologie alleen (als onderzoeksgebied) beschouwden als een te beperkt gebied om de aanwezigheid van een zelfstandig instituut te rechtvaardigen. Daarom werden de activiteiten van de school uitgebreid tot alle studiegebieden die Griekenland betreffen, De naam van de school veranderde in het Nederlands Instituut in Athene (NIA). Het bestuur bestond nu tevens uit academici uit andere gebieden dan de archeologie en een Vereniging van Vrienden vergrootte de steun aan het instituut tot buiten de academische wereld. Vijf Nederlandse universiteiten toonden zich bereid het NIA financieel te ondersteunen. Op 1 januari 1994 droeg men de administratie van het NIA over aan de Universiteit van Amsterdam. Sinds 2000 is de Vrije Universiteit van Amsterdam de zesde participerende universiteit.

In 1999 verhuisde het NIA naar een prachtig gerestaureerd neoklassiek pand aan de voet van de akropolis. Het Griekse ministerie van Cultuur heeft het NIA officieel erkend en de financiering van het instituut lijkt gewaarborgd. Het NIA functioneert met een volledige staf van zes personen, waaraan met regelmaat tijdelijke staf wordt toegevoegd.

Het NIA heeft zijn activiteiten op academisch, educatief en cultureel gebied uitgebreid door het organiseren van colloquia, een groot aantal lezingen, cursussen en tentoonstellingen.
In 2005 werd een totaal van zes Nederlandse veldwerk projecten in Griekenland uitgevoerd onder de auspiciën van het NIA.