Από τις 8 Νοεμβρίου 1999 το NIA εδρεύει σ' ένα όμορφα αναπαλαιωμένο νεοκλασικό κτίριο που βρίσκεται σε μικρή απόσταση από την Ακρόπολη. Από το 1905 μέχρι το 1908 ο Αντώνης Μιχαήλ Ουρανιάδης έχτισε τρία ομοιότυπα κτίρια στην οδό Μακρή, ένα από τα οποία είναι και το κτίριο του Ινστιτούτου στον αριθμό 11. Παρόλο που αρχικά προοριζόταν για ιδιωτική κατοικία, αργότερα μέρη του κτιρίου φιλοξένησαν άλλους σκοπούς, όπως ένα εργαστήριο αργυροχόου, καθώς και φωτογραφικά εργαστήρια και δικηγορικά γραφεία. Το 1995, το κτίριο αγοράστηκε από το Πανεπιστήμιο του 'Αμστερνταμ για να στεγάσει το Ολλανδικό Ινστιτούτο. Μετά από μια ολοκληρωτική αναπαλαίωση, το κτίριο άνοιξε τις πόρτες του το Σεπτέμβριο του 2000.

Ο ρυθμός του κτιρίου είναι ύστερος νεοκλασικός, όπως είναι εμφανές από τα κλασικά στοιχεία στην πρόσοψη, τα οποία διακρίνονται ως γύψινα διακοσμητικά στοιχεία. Στον εξωτερικό χώρο δίνεται έμφαση στη μνημειώδη είσοδο και το μπαλκόνι που είναι ακριβώς από πάνω. Στο εσωτερικό, ενδιαφέρουσες είναι οι γύψινες διακοσμήσεις που βρίσκονται στα ταβάνια των μεγαλύτερων αιθουσών. Κατά τη διάρκεια της αναπαλαίωσης, ο χαρακτήρας του κτιρίου διατηρήθηκε όσο το δυνατό περισσότερο. Τα κατασκευαστικά στοιχεία που δεν μπορούσαν να διατηρηθούν, όπως μια μαρμάρινη σκάλα και οι αρχικές κουζίνες, έχουν ενσωματωθεί στο χώρο της αυλής.

Στο ισόγειο του Ολλανδικού Ινστιτούτου βρίσκεται ο πλήρως εξοπλισμένος ξενώνας. Αποτελείται από πέντε ευρύχωρα δωμάτια, καθώς και κοινές τουαλέτες, μια κουζίνα και κοινόχρηστους χώρους.

Φοιτητές και ακαδημαϊκοί που επισκέπτονται την Ελλάδα για λόγους σπουδών και έρευνας, μπορούν να υποβάλουν αίτηση για διαμονή στον ξενώνα. Στη σοφίτα του κτιρίου υπάρχει ένα δωμάτιο για ανώτερους ακαδημαϊκούς και -ορισμένες φορές- για καλλιτέχνες.
	Η βιβλιοθήκη του ΝΙΑ ειδικεύεται στους τομείς της Νεοελληνικής γλώσσας και του Νεοελληνικού Πολιτισμού, καθώς και στην ιστορία και την αρχαιότητα. Η βιβλιοθήκη λειτουργεί επιπλέον ως αίθουσα διαλέξεων και διαθέτει χώρο για 50 άτομα. Οι εγκαταστάσεις οπτικοακουστικών μέσων αποτελούνται από μια υπερυψωμένη μηχανή προβολής, ένα μηχάνημα προβολής διαφανειών, ένα video/data beamer καθώς και μια στερεοφωνική εγκατάσταση.
Στην αίθουσα "Mannekens Zaal", στον πρώτο όροφο του κτιρίου, υπάρχει η δυνατότητα να οργανώνονται συναντήσεις για έως και 20 συμμετέχοντες. Η παραπάνω αίθουσα λειτουργεί επιπλέον ως χώρος εκθέσεων του ΝΙΑ, με εκθέσεις που οργανώνονται σε τακτική βάση. Το κτίριο παρέχει ένα σύγχρονο δίκτυο ηλεκτρονικών υπολογιστών με πρόσβαση στο Ίντερνετ, το οποίο μπορούν να χρησιμοποιούν οι επισκέπτες του Ινστιτούτου. Το κτίριο κλιματίζεται καθ' όλη τη διάρκεια του χρόνου.